این راکتورها شامل بستری از جنس پلاستیک ، سنگ ، میکا، زئولیت و دیگر مواد مؤثر بر رشد باکتری های بی هوازی بر روی آن می باشند. جریان می تواند به سمت بالا یا به سمت پایین باشد. محیط فیلتر که جامدات بیولوژیکی را در خود نگه می دارد ، می تواند مکانیسمی برای جداسازی جامدات و گاز تولید شده در فرایند هضم داشته باشد. مدیای مورد استفاده باید از نوع زبر و نامنظم باشند که سطح ویژه آنها بین m³/m² 90-300 می باشد.

چون باکتری ها بر روی این مدیا می مانند و با جریان خروجی شسته نمی شوند، دستیابی به زمانهای ماند جامدات طولانی حتی تا 100 روز هم در این راکتورها دیده شده است که این مقادیر بالا را می توان با زمان های ماند هیدرولیکی کوتاه به دست آورد. امروزه از مدیاهایی از جنس سرامیک یا پلاستیک در شکل های مختلف استفاده می کنند که حجم فضای خالی در این مدیاها بین 95-85%‌می باشد. همچنین سطح ویژه بالایی را به طور نمونه m³/m² 100 ، فراهم میکنند که افزایش رشد میکروبی را در پی دارد. فیلترهای بی هوازی کم بار هستند و در بارگذاری آلی تا حدود Kg COD/m³.day 4 راندمان خوبی دارند.

دوره راه اندازی در این راکتورها بسته به نرخ بارگذاری آلی می تواند بین 3 تا 9 ماه طول بکشد. کاربرد این راکتورها در تصفیه فاضلاب های صنعتی با نسبت COD/BOD5 پایین است. مهمترین دغدغه استفاده از این راکتورها ، گرفتگی ناشی از رشد جامدات بیولوژیکی ، جامدات معلق ورودی و مواد معدنی رسوب کرده می باشد. بنابر این فیلترهای بی هوازی برای فاضلاب هایی با میزان جامدات معلق پایین خوب کار می کنند.